A Red Hot Chili Peppers története 1983-ban kezdődött. Michael Blazary (Flea), Hillel Slovak és Jack Irons középiskolai osztálytársak voltak a kaliforniai Fairfax gimnáziumban. Ők hárman alapították az Anthym nevű zenekart. Hamarosan csatlakozott a zenekarhoz Anthony Kiedis, aki az énekesi posztot töltötte be. A Rhythm Lounge klubban léptek fel először, ekkor már "Tony Flow And The Miraculously Majestic Masters Of Mayhem" néven. A koncert nagy sikert aratott. A nevüket hamarosan Red Hot Chili Peppers-re változtatták. Ez a név egy vicces étterem nevéből származik, amit Chily Willy and the Red Hot Peppers-nek hívtak.

Időközben Hillel és Jack kilépett a bandából, helyükre Jack Sherman és Cliff Martinez csatlakozott. Az E.M.I. lemezkiadó felfigyelt a zenekarra és a srácoknak egy 8 albumra szóló szerződést ajánlott. 1984-ben megjelent debütáló albumuk Red Hot Chili Peppers néven, amely még elég kiforratlanra sikeredett. 1985-ben az együttes sikereinek hatására Hillel visszatért a bandához. A gitáros Sherman helyére került, akivel nem voltak megelégedve. Nemsokára Jack is visszatért.

1985-ben jelent meg második albumuk, a Freaky Styley, amin már megfigyelhetők a funk jegyei. Ezzel a lemezzel már Európába is eljutottak. Ekkortájt kezd el Kiedis és Slovak keményen drogozni. Két évvel később jelenik meg The Uplift Mofo Party Plan című újabb albumuk, ami a Billbord toplista 148. helyéig kúszott fel. Producerük Michael Beinhorn volt, aki korábban Nona Hendrix-el és Herbie Hancock-al dolgozott együtt. A nagylemezről a Fight Like a Brave című dalt adták ki kislemezen.

1988-ra Hillel Slovak kábítószerfüggése olyan súlyossá vált, hogy a zenekar tagjai elhatározták, hogy kiteszik őt a Red Hot Chili Peppers-ből. Ám végül mégis maradt a csapatban. Ebben az évben jelent meg Abbey Road nevű 5 számos EP-jük, aminek borítóját Angliában fényképezték a híres Abbey Road egyik zebráján. 1988 június 25-én bekövetkezett a zenekar történetének legnagyobb tragédiája: kábítószer túladagolásban meghalt Hillel Slovak gitáros. A Chili éppen új albumán dolgozott, melynek a Rockin Freakapotamus címet szánták. Ez az album soha nem jelent meg. Hillel halála mélyen megrázta a zenekart. Pár hónapra mindannyian eltűntek a világ szeme elől. Jack Irons az RHCP tagjait okolta barátja haláláért, úgyhogy elhatározta hogy soha többet nem fog részt venni a csapat munkájában. Jack később a Pearl Jam tagja lett.

Hamarosan Flea és Anthony indította el újra a Red Hot Chili Peppers-t. Hillel helyére legnagyobb rajongójukat, a 17 éves John Frusciante-t tették. Dobosuk Chad Smith lett, akit nagy nehezen újsághirdetés útján találtak meg több, mint 40 jelentkező közül. 1989 márciusában turnézni indultak, és még ebben az évben megjelent a következő nagylemezük, amely a Mother's Milk címet kapta. Ezt a lemezt Hillel Slovak emlékére készítették. A turnén már szigorú drogellenes szabályokat léptettek életbe. A Mothers' Milk pörgős számai végre meghozták a sikert az együttesnek, a Billboard 52. helyéig jutott az album. Higher Ground című videójuk 3 díjat is kapott az MTV Video Music Awards-on. A Micsoda nő című film Show Me Your Soul című betétdalával az angliai slágerlista 30. helyére kerültek. Ezután igazoltak át a Warner Music kiadóhoz.

A Blood Sugar Sex Magik című albumuk (1991 szeptemberében jelent meg) kitörő sikert aratott, hétszeres platinalemez lett, egy évig rajta volt az amerikai Billboard listán, annak 3. helyéig jutva. 1992 szeptemberében az Under The Bridge, és a Give It Away videóklippje tarolt az MTV Video Music Awards-on. 1993 februárjában megkapják a Grammy díjat is a legjobb hard rock előadás kategóriában a Give It Away című számért. 1993 augusztusában a Soul to Squeeze (Coneheads című film zenéje) 5 hétig vezette a Billboard "Modern Rock Tracks" slágerlistáját. 1993 októberében a Rolling Stone magazin a Give It Away videóklippjét beválasztotta a 100 legjobb videoklipp közé. 1994-ben jelent meg az Out In L.A. című ritkaságokat és remixeket tartalmazó gyűjteményük.

Ázsiai turnéjuk alatt John bejelentette, hogy a következő koncert után otthagyja a zenekart. A turné végéig Arik Marshall (a los angeles-i Marshall Law nevű együttesből) vette át Frusciante szerepét. Újsághirdetés alapján találták meg Jesse Tobias-t, aki csak rövid ideig volt a bandában, mivel nem volt alkalmas a posztra. A Chili Dave Navarro-t - a Jane's Addiction korábbi gitárosát - kérte fel, hogy csatlakozzon hozzájuk. Dave korábban már többször is visszautasította a felkérést, de most igent mondott.

Hawai-ra mentek kikapcsolódni, majd 1995-ben a One hot Minute című albummal tértek vissza. Az új album kiadását turné követte, amin összesen 64 koncertet adtak 21 országban. 1996-ban az I Found You című dallal szerepeltek egy John Lennon Tribute albumon. Ezután felkérést kaptak a Beavis and Butthead film főcímzenéjének megírására. A Love Rollercoaster című dal nagy sikereket aratott, bekerült a Top 40-be. A számhoz rajzfilmszerű videóklipp is készült.

Flea időközben játszott a The Big Lebowski című filmben, míg Anthony Indiában utazgatott, még a Dalai Lama-val is találkozott. 1997 júliusában Anthony balesetet szenvedett, amikor motorjával autónak ütközött. Eltört a csuklója, és kórházba került. Az alaszkai és a hawai-i koncertet le kellett mondaniuk. Hamarosan újabb szerencsétlenség következett: Chad is motorbalesetet szenvedett a Sunset Boulevard-on. Kisebb sérülései lettek. Időközben Dave Spread című saját projectjén dolgozott.

Az MTV az Under The Bridge klippjét minden idők 5. legjobb videójának választotta. 1998 április 3-án Dave kilépett a Red Hot Chili Peppers-ből, mivel inkább a Spread-re kívánt koncentrálni. Helyére újra John Frusciante került.

1999 nyarán jelent meg Californication című albumuk. Az első maxi a Scar Tissue, rövid idő alatt bekerült a Top 10-be, az album pedig hamarosan platinalemez lett. 2000 februárjában megkapják második Grammy díjukat a legjobb rock dal (Scar Tissue) kategóriában. A Californication-t is jelölték a legjobb rock album kategóriában. Az Otherside a Billboard modern rock listáját 13 hétig vezeti.

2000 tavaszán a srácok a Foo Fighters-szel turnéznak, májusban az Otherside a Top 10-be kerül. A Californication videóklippje is sorra nyeri a díjakat.

2002-ben jelenik meg újabb nagylemezük, a By The Way, ami hamarosan a Top 40-be kerül. Ezen az albumon a Chili más arcát mutatta. Lelassultak a számok, érettebb lett a hangzásuk. Sorra jelennek meg a maxik az új albumról: By The Way, The Zephyr Song.

2003-ban a Rolling Stone magazin a Blood Sugar Sex Magik, és a Californication lemezeket beválasztotta minden idők 500 legjobb albuma közé. Ebben az évben jelenik Greatest Hits című válogatásuk (rajta két új dallal), a következő évben pedig a Live at Hyde Park című élő felvételeket tartalmazó lemezük. 2004 októberében Anthony Kiedis kiadja önéletrajzát Scar Tissue címmel.

Az együttes új albuma 2006. május 9-én jelenik meg Stadium Arcadium címmel.